ปีโชวะที่ 29 (ค.ศ. 1954) ญี่ปุ่นได้พบกับภัยพิบัติ ที่ไม่เคยได้พบมาก่อน นั่นก็คือการถูกโจมตีจาก ก็อตซิลล่า ซึ่งถือกำเนิดมาจากการทดลองระเบิดไฮโดรเจน โตเกียวถูกไฟแผดเผาจนราบเรียบไป และทั่วทั้งเมืองก็เต็มไปด้วยเสียงร้อง ของผู้ที่ต้องสังเวยชีวิตไป กองกำลังป้องกันตนเองที่เพิ่งก่อตั้งขึ้นมานั้น ได้ต่อสู้กับก็อตซิลล่าอย่างกล้าหาญ และหลังจากการต่อสู้อันดุเดือดจบลง ก็ได้ทำการขับไล่ก็อตซิลล่าได้สำเร็จ ความจริงข้อนี้ ทำให้ทหารในกองกำลังป้องกันตนเองหน่วยนี้ มีความภาคภูมิใจ และเป็นที่เล่าขานกัน ในฐานะที่เป็นหน่วยกองกำลังป้องกันตนเอง ที่มีประสบการณ์ต่อสู้จริงเพียงหน่วยเดียว หลังจากนั้นมา 50 ปี ญี่ปุ่นก็เจริญเติบโตอย่างรุ่งเรืองเรื่อยมา แต่ว่าความน่าสะพรึงกลัว ก็ได้ลืมตาตื่นขึ้นมาอีกครั้ง เรือโทฮิโรเสะของกองกำลังป้องกันตนเอง ที่ได้ออกมาตามหาเรือดำน้ำพลังปรมาณู ที่หายไปที่เกาะกวม ได้พบกับสัตว์ร้ายขนาดยักษ์อยู่ใต้พื้นทะเล …หรือว่ามันจะเป็นก็อตซิลล่า? แต่ผลสรุปจากที่ประชุมของกองกำลังป้องกันตนเอง ได้ให้ความสำคัญต่อผลกระทบ ต่อด้านการเมืองเป็นสิ่งสำคัญ จึงได้ตัดสินใจที่จะไม่ทำอะไรทั้งสิ้น ทำให้นายพลทะจิบานะ ซึ่งเคยสัมผัสประสบการณ์การทำลายเมืองโตเกียว เมื่อสมัยเด็กๆ นั้น ไม่อาจที่จะปิดบังความกังวลเอาไว้ได้ ในขณะนั้น ยูริ ลูกสาวของทาจิบานะ ที่ทำงานอยู่รายการวิทยุสำหรับเด็ก BS ดิจิตอล ได้พบกับเหตุการณ์แผ่นดินไหวอย่างไม่คาดคิด ที่บริเวณใกล้กับภูเขาเมียวโค ในคืนนั้นเอง ได้เกิดอุบัติเหตุอุโมงค์ถล่มในบริเวณใกล้เคียง ทำให้พวกเด็กหนุ่มสาวแก็งซิ่ง ต้องสังเวยชีวิตกันไป คนขับรถบรรทุกผู้รู้เห็นเหตุการณ์ ก็ได้ยืนยันว่าเห็นก็อตซิลล่า อีกด้านหนึ่ง พวกเด็กๆ ที่ไปเล่นแถวริมทะเลสาบอิเคดะ ในจังหวัดคาโกชิมะ ก็ได้พบและถูกสิ่งลึกลับทำร้ายหมายปองชีวิต กุญแจในการไขเหตุการณ์ประหลาด ที่เกิดขึ้นในแต่ละที่นั้น ก็คือหนังสือที่ทาเคดะ เพื่อนสนิทของยูรินำมา ซึ่งมีชื่อว่า ตำนานสัตว์เทพพิทักษ์ของประเทศ ในบันทึกนั้น ได้เขียนถึง บาราก้อน, มอสร่า และ กิโดร่า ซึ่งเป็นสัตว์ประหลาดโบราณของญี่ปุ่น ซึ่งหลับอยู่ในที่ภูเขาเมียวโค ทะเลสาบอิเคดะ และผืนป่าของภูเขาฟูจิ จากคำทำนายตำนานสัตว์เทพพิทักษ์ของประเทศ ยูริ ทาเคดะ และมารุโอะ ทั้ง 3 คนได้เข้าไปที่สถานีตำรวจฮอนสึมุ บริเวณใกล้ๆ กับป่าแถวภูเขาฟูจิ ที่สถานีนั้นเอง ผู้เฒ่าอิซายามะที่อยู่ในคุก ได้เล่าถึงความทรงจำ เกี่ยวกับเหล่าผู้คนที่เสียชีวิตไป ในการต่อสู้กับก็อตซิลล่า ในมหาสมุทรแปซิฟิก และความโกรธแค้นที่สั่งสมไว้ พร้อมกับเศร้าใจที่ญี่ปุ่นในปัจจุบัน ได้ดำเนินชีวิตกัน โดยที่ลืมเสียงร้องของก็อตซิลล่าไปแล้ว….. และแล้ว บันทึกก้าวแรกของก็อตซิลล่า ก็ได้เริ่มขึ้นที่เกาะโอโต บนหมู่เกาะโอซางาวาร่า ใกล้กับเกาะที่ก็อตซิลล่าได้ปรากฏตัวขึ้นมา เป็นครั้งแรกเมื่อ 50 ปีก่อน และได้ทำลายโรงเตี๊ยมคุจิระมิ ในคืนที่พายุพัดแรงนั้นเอง ในที่สุด รัฐบาลก็ได้ออกคำสั่งให้จับตาดูก็อตซิลล่า แต่ในที่สุด รัฐบาลก็ได้สั่งระงับการออกค้นหา รวมไปถึงการตรวจหาอย่างขยันขันแข็ง ของเรือขับไล่รุ่นใหม่ ไอซึ ซึ่งยังไม่รู้ถึงการเคลื่อนไหวของก็อตซิลล่า อย่างละเอียดด้วย อีกด้านหนึ่ง ก็มีรายงานหอพยากรณ์อากาศในนิอิงาตะ พบว่ามีการเคลื่อนที่ ของจุดศูนย์กลางของแผ่นดินไหวไปทางชิซึโอกะ จุดศูนย์กลางของแผ่นดินไหวนั่นก็คือ บาราก้อน นั่นเอง ยูริ ได้ใช้รถของทาเคดะ ไล่ตามบาราก้อนไป เมื่อบาราก้อนขึ้นมาสู่พื้นดิน ที่สถานีตำรวจฮอนสึมุ เพื่อตามหาก็อตซิลล่า ณ ท่าเรือซึ่งเรือฟุคุริวมารุ หมายเลข 5 ได้กลับมา หลังจากเสร็จสิ้นการทดลองระเบิดไฮโดรเจน ก็อตซิลล่า ก็ได้ปรากฏตัวที่ตลาดปลาที่เมืองเคียวมิสึ เกิดการหนีตายกันอย่างอลหม่าน และแล้ว ที่ปรากฏตัวขึ้นเหนือเมืองเคียวมิสึ นั้นก็คือควันรูปดอกเห็ด! บาราก้อนได้รับมือกับก็อตซิลล่าที่ฮาโกเนะ และโอสึทานิ ระหว่างที่ก็อตซิลล่าจะขึ้นฝั่งมานั้นเอง ก็โผล่ออกมาจากหน้าผา ตรงเข้าไปกัดแขนของก็อตซิลล่า แต่ว่าก็อตซิลล่าก็ใช้พลังสะบัดบาราก้อนกระเด็นไป แล้วก็เข้าเตะพร้อมกับใช้หางฟาดอย่างไร้ความเมตตา บาราก้อนที่ท่าทางทรมาน ได้ปีนขึ้นไปบนหน้าผา เพื่อจะกระโดดเข้าใส่ก็อตซิลล่า แต่หางของก็อตซิลล่า ได้ฟาดเอาเฮลิคอปเตอร์ ที่มาทำข่าวตกลงกระแทกสู่พื้น แต่บาราก้อนก็ยังกระโดดเข้าใส่ก็อตซิลล่าอีกครั้ง คราวนี้สิ่งที่หยุดเอาไว้ ก็คือลำแสงความร้อนของก็อตซิลล่า! สุดท้าย บาราก้อนต้องกรีดร้องกับไฟที่ลุกไหม้ไปทั้งตัว ยูริที่ไปถึงที่เกิดเหตุนั้น ได้รับบาดเจ็บจากการที่สถานีกระเช้าถล่มลงมา เนื่องจากการโจมตีด้วยลำแสงความร้อนของก็อตซิลล่า อีกด้านหนึ่งที่อุโมงค์น้ำแข็ง ภายในป่าลึกภูเขาฟูจินั้น กิโดร่า ก็ได้ลืมตาขึ้นมา….. หลังจากที่ก็อตซิลล่า กำจัดบาราก้อนได้แล้ว ก็ได้มุ่งหน้ามายังโตเกียว ยูริได้เริ่มเสี่ยงอันตราย ถีบจักรยานไล่ตามก็อตซิลล่า พร้อมถ่ายทอดสด ทางรัฐบาลได้ตัดสินใจ ให้กองกำลังป้องกันตนเอง ทำการโต้ตอบก็อตซิลล่า ด้วยการใช้ F-7J เข้าโจมตี แต่… ต่อหน้าลำแสงความร้อนของก็อตซิลล่า ทุกอย่างก็ถูกทำลายหมดสิ้น ความพ่ายแพ้ของกองกำลังป้องกันตนเอง ที่มีต่อก็อตซิลล่า ที่มีพลังที่แข็งแกร่งยิ่งกว่าเมื่อ 50 ปีก่อน ทาจิบานะ ได้เข้าถามเลขาธิการฮิโนะฮันว่า เมื่อ 50 ปีก่อน กองกำลังป้องกันตนเอง สามารถทำการขับไล่ก็อตซิลล่าไปได้จริงหรือเปล่า คำตอบก็คือไม่ กองกำลังป้องกันตนเอง ไม่มีกำลังไปต่อต้านก็อตซิลล่าเลยแม้แต่น้อย…. ในช่วงเวลานั้นเอง ที่ทะเลสาบอิเคดะ ดักแด้ยักษ์ก็ได้แตกออก มอสร่า ที่เจริญเต็มวัย ได้บินมุ่งหน้าไปสู้กับก็อตซิลล่า ด้วยข้อเสนอของทาจิบานะที่มีต่อเบื้องบน ทำให้กองกำลังป้องกันตนเองได้ตัดสินใจ ที่จะใช้ D-03 ระเบิดขุดเจาะหิน เข้าโจมตีก็อตซิลล่า สถานที่ทำการต่อสู้คือโยโกฮาม่า ผู้สั่งการคือทาจิบานะ ที่เข้าบัญชาการเองบนเรือไอซึ ระหว่างที่กองกำลังป้องกันตนเอง ได้เตรียมรับมืออยู่ที่โยโกฮาม่า ก็อตซิลล่าก็ได้ปรากฏตัวออกมา ทันใดนั้นเอง มอสร่าที่ไล่ตามก็อตซิลล่ามา ก็ได้ดิ่งลงมาด้วยความรวดเร็ว แล้วใช้ร่างเข้ากระแทก และต่อด้วยการใช้หนามพิษจู่โจม ก็อตซิลล่าเองก็ใช้ลำแสงความร้อนเข้าตอบโต้ แต่มอสร่าบินหลบได้ ระหว่างที่สัตว์ประหลาดยักษ์ทั้ง 2 ตัวต่อสู้กันอยู่ กองกำลังป้องกันตนเอง ก็ได้เฝ้ารอโอกาสในการโจมตี ตอนที่มอสร่าบิน ไปเกาะที่หัวของก็อตซิลล่านั้นเอง แผ่นดินก็แยกออก และกิโดร่าก็ปรากฏตัวขึ้นมา! กิโดร่าได้ตามก็อตซิลล่ามา แล้วก็ใช้เขี้ยวจากทั้ง 3 หัว เข้ากัดพร้อมปล่อยไฟฟ้าแรงสูงจากเขี้ยว ทำให้ก็อตซิลล่าหยุดชะงักไป ทาจิบานะได้ให้ไอซึ แล่นเข้าไปบริเวณอ่าว แต่ก็อตซิลล่าก็ทำการโต้ตอบได้ ด้วยการใช้มือคอของกิโดร่าหัวหนึ่ง อีกคอหนึ่งก็ใช้ฟันกัด ทำให้เลือดสีแดงสดของกิโดร่าถึงกับไหลออกมา! แม้แต่มอสร่า ที่จะบินเข้ามาช่วยกิโดร่า ก็ถูกหางของก็อตซิลล่าฟาดไป ก็อตซิลล่าได้ทำการทุ่มกิโดร่าไปกระแทกกับตึก และปล่อยแสงความร้อนใส่ แต่มอสร่าก็มาเป็นโล่ กันให้กับคิงกิโดร่าที่บาดเจ็บ ทาจิบานะ ได้ออกคำสั่งให้โจมตีก็อตซิลล่าด้วยมิสไซล์ D-03 จากทั้งบนดินและใต้น้ำ แต่ว่าก็สร้างบาดแผลให้ได้แค่สะกิดผิวหนังเท่านั้น ก็อตซิลล่าที่โกรธ จะใช้ลำแสงความร้อนกับกองกำลังป้องกันตนเอง ในขณะที่ปลายคมหอกดาบจะมุ่งหน้ามาสู่ไอซึนั่นเอง มอสร่าที่มีไฟลุกท่วมทั่วตัว ได้พุ่งเข้าหาก็อตซิลล่า มอสร่าที่รับลำแสงความร้อนจากก็อตซิลล่า ได้เปลี่ยนตัวเองเป็นฝุ่น ที่มีแสงส่องประกาย แล้วเข้าสู่ร่างกิโดร่า กิโดร่าที่ได้รับชีวิตของมอสร่าไป ก็ได้กางปีกออกมา พร้อมกับมีแสงส่องประกายทั่วตัว ร่างนี้แหละคือ คิงกิโดร่า ราชามังกรพันปี! คิงกิโดร่า ที่บินขึ้นไปบนฟ้า เมื่อสามารถรับลำแสงความร้อนของก็อตซิลล่าได้ แล้วก็สะท้อนกลับไปเป็นลูกบอลพลังงานใส่ก็อตซิลล่า ก็อตซิลล่าจมลงสู่ท้องทะเล ด้วยลำแสงความร้อนของตนเอง แต่คิงกิโดร่าก็ยังตามติดไป….. ทาจิบานะได้ใช้ซัทสึมะเข้าโจมตีก็อตซิลล่า ยูริก็ได้ทำการถ่ายทอดสดการต่อสู้ ระหว่างกองกำลังป้องกันตนเอง สัตว์เทพทั้ง 3 และก็อตซิลล่า อย่างเสี่ยงอันตรายต่อไป คิงกิโดร่า บินขึ้นมาจากทะเลขึ้นมาเหนือท้องฟ้า แล้วใช้ลำแสงโจมตีก็อตซิลล่า แต่ว่าก็อตซิลล่าก็ได้ดูดกลืนพลังงานนั้น ในช่วงเวลาที่คิงกิโดร่ากำลังรวมพลังงานอยู่นั้น ก็อตซิลล่าก็ได้ใช้ลำแสงความร้อนขั้นสูงสุด เข้าทำร้ายคิงกิโดร่า ทำให้คิงกิโดร่าเกิดการระเบิดครั้งใหญ่! แต่ว่าขณะที่ก็อตซิลล่าจะส่งเสียงร้องประกาศชัยชนะนั้นเอง แสงจากสัตว์เทพทั้ง 3 ก็ได้มาดึงร่างของก็อตซิลล่าลงทะเลไป ทาจิบานะที่ให้ซึทสึมะเข้าหาก็อตซิลล่า ได้เข้าไปสู่ร่างกายของก็อตซิลล่า ที่ไม่เคยมีใครได้เห็นมาก่อน!
