สองปีหลังจากเหตุการณ์ใน “Final Fantasy VII” โรคที่เรียกว่า ‘Seikon-Shoukougun’ หรือ ‘Geostigma’ กำลังแพร่กระจายไปทั่วโลก โรคนี้เชื่อว่ามีสาเหตุมาจากร่างกายต่อสู้กับสิ่งแปลกปลอมที่บุกรุกร่างกายเมื่อสองปีก่อนในตอนท้ายของ “Final Fantasy VII” อดีตนักขี่ม้า Cloud Strife ตัดสินใจผิดและถูกหลอกหลอนจากอดีตอดีตผีสิงตัดสินใจที่จะใช้ชีวิตที่สันโดษและโดดเดี่ยวห่างจากเพื่อนของเขาในขณะที่ยังคงรักษา “บริการจัดส่งของ Strife” ซึ่งมีสำนักงานใหญ่ตั้งอยู่ที่บาร์ บาร์ของ Tifa ทำหน้าที่เป็นสถานเลี้ยงเด็กกำพร้าสำหรับเด็กที่โดน Geostigma ที่นี่ Tifa คอยจับตาดูลูกสาววัยหกปีของ Barret ที่ชื่อ Marlene ในขณะที่ Barret ค้นหาดาวเคราะห์เพื่อหาแหล่งพลังงานทางเลือกให้เป็นพลังงาน Mako อยู่มาวันหนึ่ง Cloud ได้รับโทรศัพท์จากอดีตประธานาธิบดี Shinra, Inc. , Rufus ขอความคุ้มครองจากชายลึกลับชื่อ Kadaj Kadaj ในขณะเดียวกันพร้อมกับพี่น้อง Loz และ Yazoo ของเขา
