ความมืดได้ครอบงำเหนือมหานครนิวยอร์กในฐานะ Shredder และ Clan Foot อันชั่วร้ายของเขามีด้ามจับเหล็กทุกอย่างตั้งแต่ตำรวจไปจนถึงนักการเมือง อนาคตเป็นสิ่งที่น่ากลัวจนกระทั่งพี่น้องผู้ถูกขับไล่สี่คนที่ไม่น่าจะเกิดขึ้นจากท่อระบายน้ำและค้นพบชะตากรรมของพวกเขาในฐานะนินจา เต่าต้องทำงานร่วมกับผู้รายงานข่าวเมษายน April O’Neil และช่างภาพ Vern Fenwick ของเธอเพื่อช่วยเมืองและทำลายแผนการทำลายล้างของ Shredder
