อนาคต 400 ปีซึ่งตั้งอยู่ในปี พ.ศ. 2415 ไอออนฟลักซ์เป็นนักฆ่าลึกลับ สี่ศตวรรษหลังจากไวรัสเกือบทำลายล้างเผ่าพันธุ์มนุษย์เหลือผู้รอดชีวิตเพียงห้าล้านคนในเมืองยูโทเปียที่ชื่อว่า Bregna อิออนกำลังดิ้นรนเพื่อทำลายระบอบการปกครองของ Goodchild นำโดยคนชื่อ Trevor Goodchild ผู้ปกครองของ Bregna และผู้สืบเชื้อสายของชายผู้ค้นพบวิธีรักษาไวรัสร้ายแรง ตามคำสั่งของ Handler ไอออนได้รับมอบหมายให้สังหาร Goodchild แต่มีความลับลึกกว่าที่จะค้นพบและสมรู้ร่วมคิดที่จะสกัดกั้น