ไม่มีอะไรสามารถหยุด Mega-Shark อันยิ่งใหญ่; ไม่ใช่แม้แต่โซจูรอยด์ยักษ์ในMega Shark vs. Crocosaurus (2010) คราวนี้ผู้ล่าแห่งเอเพ็กซ์ของมหาสมุทรสร้างความหายนะในพอร์ตอเล็กซานเดรียในอียิปต์ แต่กองทัพเรือสหรัฐฯและวิศวกรแจ็คเทอร์เนอร์ได้คิดค้นวิธีแก้ปัญหาที่ท้าทายอย่างยิ่งยวดนี้คือเรือดำน้ำที่เหมือนฉลามที่ใช้ระบบ AI และเป็นอิสระที่ชื่อเมชาฉลาม ตอนนี้เป็นครั้งแรกในระยะยาวที่มนุษยชาติมีแชมป์ที่ทรงพลังอยู่เคียงข้างเพื่อทำลายภัยใต้น้ำ อย่างไรก็ตามหลังจากเผชิญหน้ากับความหวาดกลัวในทะเลครั้งแรกที่น่าผิดหวังการสร้างของมนุษย์และ Megalodon มีส่วนร่วมในการต่อสู้ขู่ว่าจะถึงระดับซิดนีย์ แจ็คจะหาทางหลีกเลี่ยงการต่อสู้ระหว่าง Mega-Shark และ Mecha-Shark ได้หรือไม่?
