กองทัพโคลนส์จู่โจม ดำเนินเรื่องหลังเหตุการณ์ใน ภัยซ่อนเร้น ประมาณสิบปี ในช่วงที่กาแลกซีกำลังจวนเจียนจะเข้าสู่สงคราม ดาวเคราะห์จำนวนมากพยายามแยกตัวออกจากสาธารณรัฐกาแลกติก ภายใต้การยุยงของอดีตเจไดชื่อเคานท์ดูกู อนาคิน สกายวอล์คเกอร์ ซึ่งกำลังฝึกหัดเป็นเจได ได้รับมอบหมายให้คุ้มครองวุฒิสมาชิกแพดเม่ อมิดาลา หลังเหตุการณ์ลอบสังหาร ในขณะที่โอบีวัน เคโนบี ผู้เป็นอาจารย์ ได้รับมอบหมายให้สืบสวนเบื้องหลังการลอบสังหารครั้งนี้ ในที่สุดแล้วทั้งอนาคิน แพดเม่ และโอบีวัน ได้ถูกชักนำมายังเขตใจกลางฝ่ายแบ่งแยกดินแดน และได้ร่วมเป็นส่วนหนึ่งของการกำเนิดของสงครามโคลน