หกเดือนหลังจากเหตุการณ์ที่ปรากฎใน The Matrix Neo ได้พิสูจน์แล้วว่าเป็นลางดีสำหรับมนุษย์อิสระเนื่องจากมนุษย์ถูกปลดปล่อยจากเมทริกซ์มากขึ้นเรื่อย ๆ และนำไปสู่ไซอันซึ่งเป็นฐานที่มั่นที่แข็งแกร่งเพียงแห่งเดียวของการต่อต้าน Neo ได้ค้นพบมหาอำนาจของเขารวมถึงความเร็วสูงสุดความสามารถในการมองเห็นรหัสของสิ่งต่าง ๆ ภายในเมทริกซ์และความล้ำลึกระดับหนึ่ง แต่ข่าวร้ายที่น่ารังเกียจก็คือการต่อต้านของมนุษย์: ผู้พิทักษ์เครื่องจักร 250,000 คนกำลังขุดหาไซอันและจะไปถึงพวกเขาใน 72 ชั่วโมง ในขณะที่ Zion เตรียมพร้อมสำหรับสงครามครั้งสุดท้าย Neo, Morpheus และ Trinity ได้รับคำแนะนำจาก Oracle เพื่อค้นหา Keymaker ที่จะช่วยให้พวกเขาเข้าถึงแหล่งที่มา ในขณะเดียวกันความฝันซ้ำซากของนีโอซึ่งแสดงให้เห็นถึงการตายของทรินิตี้ทำให้เขากังวลและราวกับว่ายังไม่เพียงพอ Agent Smith ได้หลบหนีไป
