หลังจากหกเดือนของเหตุการณ์ที่อธิบายไว้ในเมทริกซ์นีโอได้รับการพิสูจน์แล้วว่าเป็นนิสัยที่ดีสำหรับมนุษย์ที่เป็นอิสระซึ่งผู้คนมากขึ้นจะได้รับอิสรภาพจากเมทริกซ์และนำมายังไซอันซึ่งเป็นที่มั่นเฉพาะและความต้านทานต่อความต้านทานเพียงอย่างเดียว Niu ได้ค้นพบมหาอำนาจแบบเดียวกันเช่น super speed ความสามารถในการมองเห็นสัญลักษณ์ของวัตถุภายใน matrix และระดับการรับรู้ แต่ข่าวร้าย ๆ กำลังกดดันให้เกิดความต้านทานต่อมนุษย์: 250,000 คนที่ยิงปืนจะเจาะไซอันไปถึงพวกเขาภายใน 72 ชั่วโมง เมื่อไซออนเตรียมพร้อมสำหรับการทำสงครามในตอนท้ายโอนีล Morpheus และ Trinity ได้รับคำแนะนำจากออราเคิลเพื่อค้นหา Kimaker ที่จะช่วยให้พวกเขาเข้าถึงแหล่งที่มา ในขณะเดียวกันความฝันของ Neo ซ้ำการรับรู้การตายของ Trinity ได้ทำให้เขากังวลและราวกับว่ามันไม่เพียงพอตัวแทนของสมิ ธ รอดชีวิตจากการลบอย่างใดอย่างหนึ่งกลายเป็นมีประสิทธิภาพมากขึ้นกว่าก่อนและเลือกผู้มาใหม่เป้าหมายต่อไปของเขา
